I parassiti, una volta morti (sia "naturalmente", sia per il trattamento) si degradano, liberano sostanze infiammatorie e possono causare tromboembolismo polmonare, molto doloroso e altrettanto pericoloso per la vita dell'animale.

I farmaci utilizzati per uccidere le filarie adulte sono a base di arsenico ed hanno quindi un certo grado di tossicità anche per i nostri animali.
Le nuove molecole (Melarsomina bicloridrato) sono più maneggevoli, con minor effetti collaterali, ma nonostante questo è necessario monitorare la funzionalità renale ed epatica durante la terapia.
Il trattamento consiste in due iniezioni a distanza di 24 ore.

Nonostante la tossicità dei farmaci il rischio maggiore della terapia medica è dato dal tromboembolismo che può verificarsi in seguito alla morte dei parassiti che si cerca di controllare tenendo l'animale il più fermo possibile e somministrandogli sostanze che aumentano la fluidità del sangue.

Le filarie quando muoiono rilasciano anche un grande numero di batteri simbionti (Wolbachia) che potenziano la reazione infiammatoria da parte dell'ospite. E' quindi utile, prima del trattamento con la melarsomina, somministrare delle tetracicline che uccidono i batteri impedendo così un'imponente infiammazione e la riproduzione delle filarie ancora vive.

In casi particolari è possibile valutare un altro approcio alla filariosi cardiopolmonare: lasciare che i parassiti ormai adulti muoiano naturalmente e limitarsi ad impedire che si riproducano, somministrandono tetracicline, e che si aggiungano nuovi parassiti effettuando un trattamento mensile di Ivermectina per 2 o 3 anni.
E' una soluzione rischiosa perchè il tromboembolismo si può verificare in modo imprevedibile.