Per una questione d'idrodinamicità gli organi genitali dei delfini sono portati all'interno, pur rimanendo sostanzialmente simili a quelli degli altri mammiferi. Soltanto, quindi, esaminando da vicino il basso ventre o la parte inferiore del corpo è possibile notare le differenze di sesso. Sia maschi che femmine hanno due fenditure: una genitale ed una anale, soltanto che queste sono più distanziate nella femmina. Le femmine possiedono anche due piccole fenditure mammarie ai lati dell'apertura genitale, dalle quali fuoriescono i capezzoli durante l'allattamento, stimolati dal piccolo.

L'organo sessuale maschile è costituito da un tessuto rigido fibroso ed è trattenuto all'interno del corpo da due muscoli robusti. I testicoli sono situati appena dietro ai reni.
L'organo sessuale femminile, invece, è costituito da una serie di pieghe rivolte verso l'utero, per impedire all'acqua di penetrare durante l'accrescimento del feto. Le ovaie sono situate dietro i reni.