La storia del Dogue de Bordeaux è simile a quella degli altri molossoidi del resto d'Europa: oltre ad essere usato in scontri nelle arene per il divertimento del pubblico, è stato molto apprezzato come guardiano e come ausiliario per la caccia e in guerra durante tutto il Medioevo, come è testimoniato da molti doccioni delle cattedrali.

Ma, con l'introduzione di nuovi metodi venatori, che prevedevano l'utilizzo di segugi per la caccia alle grosse prede, e con i grandi cambiamenti che il rinascimento portò nelle tattiche di guerra, il Dogue de Bordeaux venne ridotto a guardiano e cane gladiatore.

Il numero di Dogue de Bordeaux divenne così sempre più esiguo e la sua diffusione si limitò a poche zone, tra cui la regione di Aquitania dove questi cani riscontravano un certo successo e da cui inizialmente presero il nome: erano infatti conosciuti come Dogue di Aquitania.

Questo cane venne riscoperto dalla Francia durante l'800 e alla prima esposizione canina a Parigi, nel 1863 erano presenti parecchi Dogue de Bordeaux: in particolare Magenta, un bellissimo maschio di 70 cm al garrese, riscosse grande successo.

Negli anni successivi, per l'immissione di sangue bulldog, la taglia subì delle riduzioni provocando accese dispute che ritardarono la stesura dello standard.
Infatti, solo nel 1896 Pierre Megnin, veterinario e cinologo, pubblicò il primo standard della razza raccogliendo tuttavia ancora molti disaccordi.